Julio Augusto Freyre González
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Biología de Sistemas Investigador Inv. Tit. A T.C. Interino SemblanzaJulio A. Freyre-González estudió la Ingeniería en Sistemas Computacionales en el Instituto Tecnológico de Veracruz (ITVer) y la Maestría en Ciencias de la Computación (Aprendizaje Computacional) en el Instituto Tecnológico y de Estudios Superiores de Monterrey (ITESM). Obtuvo el grado de Doctor en Ciencias Bioquímicas (Genómica Computacional) de la Universidad Nacional Autónoma de México (UNAM) en 2009. Durante sus estudios de maestría desarrolló una metodología bayesiana para la clonación conductista, el cual es un método para construir sistemas automatizados de control para tareas complejas mediante capturar y reproducir las habilidades subcognitivas humanas en un programa de computadora. Tras ser impresionado por los problemas en genómica y biología de sistemas, decidió profundizar en el campo estudiando un doctorado en ciencias bioquímicas. Entonces volteó su atención a la aplicación de la teoría de grafos para estudiar las propiedades topológicas y la organización modular y jerárquica de la red regulatoria transcripcional de Escherichia coli. Su trabajo fue una contribución fundamental al primer análisis modular de una red regulatoria bacteriana. Durante su investigación doctoral, desarrolló los fundamentos del enfoque de descomposición natural, un marco de trabajo biológico-matemático que aprovecha las propiedades estructurales de las redes regulatorias para brindar criterios objetivos que permiten su descomposición y la identificación de sus componentes a nivel de sistemas. Actualmente, su laboratorio tiene como objetivo desarrollar técnicas y métodos novedosos para contribuir a develar los principios a nivel de sistemas gobernando la organización y evolución de la circuitería biológica a escala global. El objetivo a largo plazo es develar los principios evolutivos y de sistemas que gobiernan las redes biológicas complejas y usar este conocimiento para desarrollar nuevas estrategias en biología sintética. Para lograr estos objetivos, integra datos masivos y distintas bases de datos combinando conocimiento de biología molecular, teoría de grafos, ciencias de la computación, estadística, matemáticas e inteligencia artificial. A Julio Freyre le han sido otorgados diversos premios desde que era un estudiante de licenciatura, siendo algunos de ellos el I Premio Nacional de Software Juvenil por la Fundación Arturo Rosenblueth en 1992, el XIII Premio Joven Talento en Ciencias de la Vida (XIII Prêmio Jovem Talento em Ciências da Vida) por la Sociedad Brasileña de Bioquímica y Biología Molecular (SBBq) y GE Healthcare Life Sciences en 2009, y el Reconocimiento al Mérito Estatal de Investigación por el Estado de Morelos en 2010. Él es además responsable de los planes de estudios e impartición de cursos en ciencias de la computación (“Principios de Programación” y “Computo Científico”). Esto además incluye cursos en biología de sistemas, y un taller en esta área contando con un enfoque de docencia/investigación en la frontera de las ciencias biológicas. Todos estos cursos son impartidos para el Programa de Licenciatura en Ciencias Genómicas. Además, impartimos cursos a nivel de posgrado en las mismas áreas para el Programa de Doctorado en Ciencias Biomédicas y el Posgrado de Ciencias Bioquímicas, entre otros. Ligashttp://freyrelab.org Publicaciones selectasFreyre-Gonzalez, J.A.*, Escorcia-Rodríguez, J.M., Gutiérrez-Mondragón, L.F., Martí-Vértiz, J. Torres-Franco C.N. y Zorro-Aranda, A. System principles governing the organization, architecture, dynamics, and evolution of gene regulatory networks. 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Escorcia-Rodríguez, J.M., Tauch, A., y Freyre-González, J.A.* Abasy Atlas v2.2: The most comprehensive and up-to-date inventory of meta-curated, historical, bacterial regulatory networks, their completeness and system-level characterization. Computational and Structural Biotechnology Journal 18:1228-1237 (2020) doi: 10.1016/j.csbj.2020.05.015. Campos-González, A.I. y Freyre-González, J.A.* Evolutionary constraints on the complexity of genetic regulatory networks allow predictions of the total number of genetic interactions. Scientific Reports 9(1):3618 (2019) doi: 10.1038/s41598-019-39866-z. Freyre-González, J.A.*, Treviño-Quintanilla, L.G., Valtierra-Gutiérrez, I., Gutierrez-Ríos, R.M., y Alonso-Pavón, J.A. Prokaryotic regulatory systems biology: Common principles governing the functional architectures of Bacillus Subtilis and Escherichia coli unveiled by the natural decomposition approach. J. Biotechnol. 161(3):278-286 (2012) doi: 10.1016/j.jbiotec.2012.03.028. 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 Teléfono: (777) 3291777 Ext. 38483
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Publicaciones
| Año | Publicación | PMID |
|---|---|---|
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| 2022 | Taboada-Castro, H., Gil, J., Gómez-Caudillo, L., Escorcia-Rodríguez, J.M., Freyre-González, J.A., Encarnación-Guevara, S.. (2022). "Rhizobium etli CFN42 proteomes showed isoenzymes in free-living and symbiosis with a different transcriptional regulation inferred from a transcriptional regulatory network.". Frontiers in Microbiology. 13():-. [doi:10.3389/fmicb.2022.947678] | 36312930 |
| 2022 | Escorcia-Rodríguez, J.M., Esposito, M., Freyre-González, J.A., Moreno-Hagelsieb, G.. (2022). "Non-synonymous to synonymous substitutions suggest that orthologs tend to keep their functions, while paralogs are a source of functional novelty.". Peerj. 10():-. [doi:10.7717/peerj.13843] | 36065404 |
| 2022 | Freyre-Gonzalez, Julio A., Escorcia-Rodriguez, Juan M., Gutierrez-Mondragon, Luis F., Marti-Vertiz, Jeronimo, Torres-Franco, Camila N., Zorro-Aranda, Andrea. (2022). "System Principles Governing the Organization, Architecture, Dynamics, and Evolution of Gene Regulatory Networks.". Frontiers in bioengineering and biotechnology. 10():-. [doi:10.3389/fbioe.2022.888732] | 35646858 |
| 2022 | Zorro-Aranda, A., Escorcia-Rodríguez, J.M., González-Kise, J.K., Freyre-González, J.A.. (2022). "Curation, inference, and assessment of a globally reconstructed gene regulatory network for Streptomyces coelicolor.". SCIENTIFIC REPORTS. 12(1):2840-2840. [doi:10.1038/s41598-022-06658-x] | 35181703 |
| 2021 | Camacho-Hernández, D.A., Nieto-Caballero, V.E., León-Burguete, J.E., Freyre-González, J.A.. (2021). "Partition Quantitative Assessment (PQA): A Quantitative Methodology to Assess the Embedded Noise in Clustered Omics and Systems Biology Data". APPLIED SCIENCES-BASEL. 11(13):-. [doi:10.3390/app11135999] | |
| 2021 | Escorcia-Rodríguez, J.M., Tauch, A., Freyre-González, J.A.. (2021). "Corynebacterium glutamicum Regulation beyond Transcription: Organizing Principles and Reconstruction of an Extended Regulatory Network Incorporating Regulations Mediated by Small RNA and Protein-Protein Interactions.". Microorganisms. 9(7):-. [doi:10.3390/microorganisms9071395] | 34203422 |
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| 2013 | Gerardo Trevino-Quintanilla, Luis, Augusto Freyre-Gonzalez, Julio, Martinez-Flores, Irma. (2013). "Anti-Sigma Factors in E-coli: Common Regulatory Mechanisms Controlling Sigma Factors Availability". Current Genomics. 14(6):378-387. [doi:10.2174/1389202911314060007] | 24396271 |
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| 2005 | Resendis, O., Freyre, J., Menchaca, R., Gutiérrez, R., Martínez, A., Ávila, C., Collado, P.. (2005). "Modular analysis of the transcriptional regulatory network of E. coli". TRENDS IN GENETICS. 21(1):16-20. [doi:10.1016/j.tig.2004.11.010] | 15680508 |