José Arcadio Farías Rico

Biología Sintética Investigador

Inv. Asoc. C T.C. Interino

Semblanza

https://www.fariaslab.org/

Línea de investigación

Evolución de proteínas y el efecto del ribosoma en el proteoma

Por muchos años se creyó que el ribosoma solamente traducía proteínas. Sin embargo, gracias a la explosión reciente de información estructural permitida por los avances en microscopia electrónica, se han descubierto funciones ribosomales nuevas e interesantes más allá de la traducción. Hoy en día reconocemos que muchos procesos biológicos importantes ocurren en el túnel de salida del ribosoma, por ejemplo: la unión de cofactores, formación y evolución de complejos proteicos, plegamiento de proteínas anudadas, reclutamiento de chaperonas, formación de puentes di-sulfuro, procesamiento enzimático, la unión de antibióticos macrólidos, re-direccionamiento de proteínas a compartimentos celulares e inclusive la determinación de la estructura final de los polipéptidos ocurren antes de que se termine la traducción. Actualmente se empieza a reconocer el papel fundamental del túnel de salida ribosomal en la regulación del plegamiento de proteínas, así como de la evolución de las estructuras proteicas. Mi línea de investigación se enfoca en el estudio del ribosoma, y mas específicamente el túnel de salida, como una fuerza evolutiva que afecta la composición y la regulación del proteoma. Con mi línea de trabajo podremos entre otras cosas, entender mejor la gran cantidad de datos genómicos actuales, como funcionan los antibióticos que se unen al ribosoma, eh inclusive en un día no muy lejano podremos diseñar ribosomas a la medida para producir proteínas con características especificas. Con esta línea de investigación contestaremos a las siguientes preguntas entre otras:

¿Es posible detectar intermediarios de plegamiento tanto en estructuras de proteínas naturales como diseñadas?
¿Es posible hacer ingeniería del ribosoma utilizando información evolutiva para regular el plegamiento de proteínas?
¿Es posible encontrar determinantes especie específicos en el túnel de salida ribosomal que nos permitan mejorar la expresión de proteínas problema?

Trayectoria académica

José Arcadio terminó la licenciatura en Biología en la Facultad de ciencias de la Universidad Nacional Autónoma de México (UNAM), así como la maestría en Ciencias Bioquímicas bajo la supervisión del Dr. Lorenzo Segovia en el Instituto de Biotecnología también de la UNAM. Tiempo después se reubicó en Alemania para llevar a cabo estudios de evolución y diseño de proteínas adquiriendo experiencia en Biología estructural y Bioinformática durante su doctorado el Instituto Max Planck (Campus Tübingen) bajo la supervisión de la Prof. Birte Höcker. Después de su estancia en Alemania hizo estudios de postdoctorado en los cuales se especializo en el estudio del plegamiento de proteínas en el ribosoma bajo la supervisión del Prof. Gunnar von Heijne en la Universidad de Estocolmo. Durante su estancia post doctoral adquirió experiencia en el estudio del plegamiento de proteínas in vivo, así como en sistemas de expresión libres de células. Actualmente es miembro del (SNI), sistema nacional de investigadores nivel 1 y en Noviembre de 2019 se incorporó como investigador asociado en el laboratorio de Biología Sintética del Centro de Ciencias Genómicas de la Universidad Nacional Autónoma de México.

Ligas

http://www.rcsb.org/pdb/results/results.do?tabtoshow=Current&qrid=A0852225
https://www.nature.com/articles/nchembio.1579
https://phys.org/news/2014-07-protein-evolution-modular-principle.html
https://www.pnas.org/content/115/40/E9280.long
Google Scholar
Scopus

Publicaciones selectas

Nat Chem Biol. 2014
Evolutionary relationship of two ancient protein superfolds.
Farías-Rico JA, Schmidt S, Höcker B.

Proc Natl Acad Sci U S A. 2018
Effects of protein size, thermodynamic stability, and net charge on cotranslational folding on the ribosome.
Farías-Rico JA, Ruud Selin F, Myronidi I, Frühauf M, von Heijne G.

 

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