Irma Martínez Flores

Genómica Evolutiva Técnico Académico

Tec. Acad. Tit. B T.C. Definitivo

Semblanza

Estudió la carrera de Química en la Facultad de Química de la UNAM, y la Maestría y Doctorado en Biotecnología en el Instituto de Biotecnología de la UNAM.
En marzo 2005, ingresó al “Programa de Genómica Computacional” del Centro de Ciencias genómicas (CCG) de la UNAM como curador, con la responsabilidad de leer artículos sobre regulación genética de Escherichia coli y anotar la información en las bases de datos RegulonDB y EcoCyc. Posteriormente cambió sus tareas para desempeñarse como investigador por proyecto, con enfoque principalmente en la planificación y desarrollo de proyectos en el área de genómica computacional de la regulación genética en modelos microbianos. Su trabajo culminó con la publicación de varios artículos en revistas de circulación internacional, entre otros productos.
Desde el 1º de Julio del 2014 inició su trabajo científico como Técnico Académico Titular “B” de Tiempo Completo, en el grupo del Dr. Víctor González, en el “Programa de Genómica Evolutiva” del CCG-UNAM, el cual realiza a la fecha.
La experiencia adquirida en genética molecular, así como en genómica computacional de la expresión genética en modelos microbianos y sistemas de calidad, le han permitido desempeñarse productivamente en su actual cargo académico y nueva área de investigación. Su proyecto principal es “Búsqueda de receptores para bacteriófagos que infectan a Rhizobium etli“; el cual tiene como objetivo principal determinar que receptor (es) de membrana o superficie de Rhizobium permite (n) la entrada de diferentes fagos, principalmente el fago RHEph01.
También, participa en docencia, en diferentes cursos de posgrado; en la formación de recursos humanos; y brinda apoyo en diferentes ámbitos de las actividades del grupo. Así mismo, se ha involucrado en la organización de actividades académicas sobresalientes del CCG-UNAM como son los “Talleres Internacionales de Bioinformática”, que se han celebrado en varias ocasiones.

Ligas

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Teléfono: (777) 3291690
Correo: imartflo@ccg.unam.mx

Publicaciones

AñoPublicaciónPMID
2024Torres-Quintero, M.C., Santamaría, R.I., Martínez-Flores, I., Bustos, P., Girard, L., Cevallos, M.Á., Rodríguez-Sánchez, C., González, V.. (2024). "Role of core lipopolysaccharide biosynthetic genes in the infection and adsorption of broad-host-range bacteriophages of Rhizobium etli.". Microbiological Research. 285():-. [doi:10.1016/j.micres.2024.127766]38788349
2020Rivera-Mendoza, Daniel, Martinez-Flores, Irma, Santamaria, Rosa I., Lozano, Luis, Bustamante, Victor H., Perez-Morales, Deyanira. (2020). "Genomic Analysis Reveals the Genetic Determinants Associated With Antibiotic Resistance in the Zoonotic Pathogen Campylobacter spp. Distributed Globally". Frontiers in Microbiology. 11():-. [doi:10.3389/fmicb.2020.513070]33042043
2019Cabrera-Contreras R, Santamaría RI, Bustos P, Martínez-Flores I, Meléndez-Herrada E, Morelos-Ramírez R, Barbosa-Amezcua M, González-Covarrubias V, Silva-Herzog E, Soberón X, González V. (2019). "Genomic diversity of prevalent Staphylococcus epidermidis multidrug-resistant strains isolated from a Children's Hospital in México City in an eight-years survey.". Peerj. 7(11):-. [doi:10.7717/peerj.8068]31768302
2019Gonzalez, Victor, Isela Santamaria, Rosa, Bustos, Patricia, Maria Perez-Carrascal, Olga, Vinuesa, Pablo, Juarez, Soledad, Martinez-Flores, Irma, Angel Cevallos, Miguel, Brom, Susana, Martinez-Romero, Esperanza, Romero, David. (2019). "Phylogenomic Rhizobium Species Are Structured by a Continuum of Diversity and Genomic Clusters". Frontiers in Microbiology. 10():-. [doi:10.3389/fmicb.2019.00910]31114559
2018Salgado, H., Martínez-Flores, I., Bustamante, V.H., Alquicira-Hernández, K., García-Sotelo, J.S., García-Alonso, D., Collado-Vides, J.. (2018). "Using RegulonDB, the Escherichia coli K-12 Gene Regulatory Transcriptional Network Database.". Current Protocols in Bioinformatics. 61(1):1321-13230. [doi:10.1002/cpbi.43]30040192
2017Perez-Morales, Deyanira, Banda, Maria M., Elizabeth Chau, N. Y., Salgado, Heladia, Martinez-Flores, Irma, Antonio Ibarra, J., Ilyas, Bushra, Coombes, Brian K., Bustamante, Victor H.. (2017). "The transcriptional regulator SsrB is involved in a molecular switch controlling virulence lifestyles of Salmonella". PLOS PATHOGENS. 13(7):-. [doi:10.1371/journal.ppat.1006497]28704543
2017Santamaría, R.I., Bustos, P., Pérez-Carrascal, O.M., Miranda-Sánchez, F., Vinuesa, P., Martínez-Flores, I., Juárez, S., Lozano, L., Martínez-Romero, E., Cevallos, M.Á., Romero, D., Dávila, G., Ormeño-Orrillo, E., González, V.. (2017). "Complete Genome Sequences of Eight Rhizobium Symbionts Associated with Common Bean ( Phaseolus vulgaris ).". Genome Announcements. 5(30):-. [doi:10.1128/genomeA.00645-17]28751391
2017Bustos, P., Santamaría, R.I., Pérez-Carrascal, O.M., Acosta, J.L., Lozano, L., Juárez, S., Martínez-Flores, I., Martínez-Romero, E., Cevallos, M.Á., Romero, D., Dávila, G., Vinuesa, P., Miranda, F., Ormeño, E., González, V.. (2017). "Complete Genome Sequences of Three Rhizobium gallicum Symbionts Associated with Common Bean ( Phaseolus vulgaris ).". Genome Announcements. 5(11):-. [doi:10.1128/genomeA.00030-17]28302777
2016Martínez-Flores I, Pérez-Morales D, Sánchez-Pérez M, Paredes CC, Collado-Vides J, Salgado H, Bustamante VH. (2016). "In Silico clustering of Salmonella global gene expression data reveals novel genes co-regulated with the SPI-1 virulence genes through HilD". SCIENTIFIC REPORTS. 6():37858-37858. [doi:10.1038/srep37858]27886269
2016Gama-Castro, S., Salgado, H., Santos-Zavaleta, A., Ledezma-Tejeida, D., Muñiz-Rascado, L., García-Sotelo, J.S., Alquicira-Hernández, K., Martínez-Flores, I., Pannier, L., Castro-Mondragón, J.A., Medina-Rivera, A., Solano-Lira, H., Bonavides-Martínez, C., Pérez-Rueda, E., Alquicira-Hernández, S., Porrón-Sotelo, L., López-Fuentes, A., Hernández-Koutoucheva, A., Del Moral-Chavez, V., Rinaldi, F., Collado-Vides, J.. (2016). "RegulonDB version 9.0: High-level integration of gene regulation, coexpression, motif clustering and beyond". Nucleic Acids Research. 44(D1):133-143. [doi:10.1093/nar/gkv1156]26527724
2014Martinez, L.C., Martínez, I., Salgado, H., Fernández-Mora, M., Medina, A., Puente, J.L., Collado, P., Bustamante, V.H.. (2014). "In Silico identification and experimental characterization of regulatory elements controlling the expression of the Salmonella csrB and csrC genes". Journal Of Bacteriology. 196(2):325-336. [doi:10.1128/JB.00806-13]24187088
2013Gerardo Trevino-Quintanilla, Luis, Augusto Freyre-Gonzalez, Julio, Martinez-Flores, Irma. (2013). "Anti-Sigma Factors in E-coli: Common Regulatory Mechanisms Controlling Sigma Factors Availability". Current Genomics. 14(6):378-387. [doi:10.2174/1389202911314060007]24396271
2013Salgado, H., Peralta, M., Gama, M., Santos, A., Muñíz, L., Garcia, J., Weiss, V., Solano, H., Martínez, I., Medina, A., Salgado, G., Alquicira, S., Alquicira, K., López, A., Porrón, L., Huerta, A., Bonavides, C., Balderas, Y., Pannier, L., Olvera, M., Labastida, A., Jiménez-Jacinto, V., Vega-Alvarado, L., del Moral, V., Hernández, A., Morett, E., Collado, P.. (2013). "RegulonDB v8.0: Omics data sets, evolutionary conservation, regulatory phrases, cross-validated gold standards and more". Nucleic Acids Research. 41(D1):203-213. [doi:10.1093/nar/gks1201]23203884
2012Salgado, H., Martínez, I., López, A., Garcia, J., Porrón, L., Muñíz, L., Collado, P.. (2012). "Extracting regulatory networks of Escherichia coli from RegulonDB". Methods in Molecular Biology. 804():179-195. [doi:10.1007/978-1-61779-361-5_10]22144154
2011Gama, M., Salgado, H., Peralta, M., Santos, A., Muñíz, L., Solano, H., Jimenez-Jacinto, V., Weiss, V., Garcia, J., López, A., Porrón, L., Alquicira, S., Medina, A., Martínez, I., Alquicira, K., Martínez, R., Bonavides, C., Miranda-Ríos, J., Huerta, A., Mendoza-Vargas, A., Collado, L., Taboada, B., Vega-Alvarado, L., Olvera, M., Olvera, L., Grande, R., Morett, E., Collado, P.. (2011). "RegulonDB version 7.0: Transcriptional regulation of Escherichia coli K-12 integrated within genetic sensory response units (Gensor Units)". Nucleic Acids Research. 39(SUPPL. 1):98-105. [doi:10.1093/nar/gkq1110]21051347
2011Salgado Osorio, Heladia, Martínez Flores, Irma, López Fuentes, Alejandra Cristina, Garcia Sotelo, Jair Santiago, Porrón Sotelo, Liliana, Muñíz Rascado, Luis José, Collado Vides, Pedro Julio. (2011). "Extracting regulatory networks of/Escherichia coli/from RegulonDB". Bacterial Molecular Networks: Methods and Protocols. ():-.
2010Demir, E., Cary, M.P., Paley, S., Fukuda, K., Lemer, C., Vastrik, I., Wu, G.N., D Eustachio, P., Schaefer, C., Luciano, J., Schacherer, F., Martínez, I., Hu, Z.J., Jiménez-Jacinto, V., Joshi-Tope, G., Kandasamy, K., López-Fuentes, A.C., Mi, H.Y., Pichler, E., Rodchenkov, I., Splendiani, A., Tkachev, S., Zucker, J., Gopinath, G., Rajasimha, H., Ramakrishnan, R., Shah, I., Syed, M., Anwar, N., Babur, O., Blinov, M., Brauner, E., Corwin, D., Donaldson, S., Gibbons, F., Goldberg, R., Hornbeck, P., Luna, A., Murray-Rust, P., Neumann, E., Reubenacker, O., Samwald, M., van Iersel, M., Wimalaratne, S., Allen, K., Braun, B., Whirl-Carrillo, M., Cheung, K.H., Dahlquist, K., Finney, A., Gillespie, M., Glass, E., Gong, L., Haw, R., Honig, M., Hubaut, O., Kane, D., Krupa, S., Kutmon, M., Leonard, J., Marks, D., Merberg, D., Petri, V., Pico, A., Ravenscroft, D., Ren L.Y., Shah, N., Sunshine, M., Tang, R., Whaley, R., Letovksy, S., Buetow, K.H., Rzhetsky, A., Schachter, V., Sobral, B., Dogrusoz, U., McWeeney, S., Aladjem, M., Birney, E., Collado, P., Goto, S., Hucka, M., Le Novere, N., Maltsev, N., Pandey, A., Thomas, P., Wingender, E., Karp, P.D., Sander, C., Bader, G.D.. (2010). "The BioPAX community standard for pathway data sharing". Nature Biotechnology. 28(9):935-942. [doi:10.1038/nbt.1666]20829833
2010Salgado Osorio, Heladia, López Fuentes, Alejandra Cristina, Martínez Flores, Irma, Garcia Sotelo, Jair Santiago, Porrón Sotelo, Liliana, Solano Lira, Hilda, Muñíz Rascado, Luis José, Collado Vides, Pedro Julio. (2010). "Extracting regulatory networks of Escherichia coli from RegulonDB". Bacterial Molecular Networks: Methods and Protocols. ():-.
2010Martínez Flores, Irma, Jiménez-Jacinto, V., López Fuentes, Alejandra Cristina, Collado Vides, Pedro Julio. (2010). "Expanding BioPAX format by integrating Gene Regulation". EMBnet.journal. 16():39-43.
2009Collado-Vides, Julio, Salgado, Heladia, Morett, Enrique, Gama-Castro, Socorro, Jimenez-Jacinto, Veronica, Martinez-Flores, Irma, Medina-Rivera, Alejandra, Muniz-Rascado, Luis, Peralta-Gil, Martin, Santos-Zavaleta, Alberto. (2009). "Bioinformatics resources for the study of gene regulation in bacteria". Journal Of Bacteriology. 91(1):23-31. [doi:10.1128/JB.01017-08]18978060
2008Gama, M., Jiménez, V., Peralta, M., Santos, A., Peñaloza, M., Contreras, B., Segura, J., Muñíz, L., Martínez, I., Salgado, H., Bonavides, C., Abreu, C., Rodríguez, C., Miranda-Ríos, J., Morett, J., Merino, E., Huerta, A., Treviño, L., Collado, P.. (2008). "RegulonDB (version 6.0): Gene regulation model of Escherichia coli K-12 beyond transcription, active (experimental) annotated promoters and Textpresso navigation". Nucleic Acids Research. 36(SUPPL. 1):120-124. [doi:10.1093/nar/gkm994]18158297
2007Rodríguez-Penagos, C., Salgado, H., Martínez-Flores, I., Collado-Vides, J.. (2007). "NLP-based curation of bacterial regulatory networks". LECTURE NOTES IN COMPUTER SCIENCE. 4394 LNCS():575-586. [doi:10.1007/978-3-540-70939-8_51]
2007Rodríguez, C., Salgado, H., Martínez, I., Collado, P.. (2007). "Automatic reconstruction of a bacterial regulatory network using Natural Language Processing". Bmc Bioinformatics. 8():293-293. [doi:10.1186/1471-2105-8-293]17683642
2007Rodríguez Penagos, Carlos, Martínez Flores, Irma, Salgado Osorio, Heladia, Collado Vides, Pedro Julio. (2007). "NLP-based curation of bacterial regulatory networks". Computational Linguistics And Intelligent Text Processing. 4394():575-.
2007Rodríguez Penagos, Carlos, Salgado Osorio, Heladia, Martínez Flores, Irma, Collado Vides, Pedro Julio. (2007). "NLP-Based Curation of Bacterial Regulatory Networks". CICLing. ():575-586.
2006Peñaloza Spinola, Mónica Ivonne, Peralta Gil, Martín, Gama Castro, Ma. del Socorro, Contreras Moreira, Bruno, Santos Zavaleta, Alberto, Martínez Flores, Irma, Collado Vides, Pedro Julio. (2006). "RegulonDB: Going beyond transcriptional regulation". Proceedings Of The Fifth International Conference On Bioinformatics Of Genome Regulation And Structure, Vol 3. ():322-322.
2006Salgado, H., Gama, M., Peralta, M., Díaz, E., Sánchez, E., Santos, A., Martínez, I., Jiménez, V., Bonavides, C., Segura, J., Martínez, A., Collado, P.. (2006). "RegulonDB (version 5.0): Escherichia coli K-12 transcriptional regulatory network, operon organization, and growth conditions.". Nucleic Acids Research. 34(Database issue):394-397. [doi:10.1093/nar/gkj156]16381895